¿Cuales son las Desventajas o contras de Linux?
Para quienes se imaginan que todo es dicha en los entornos Windows, es mi deber recordarles que hay algunas contras o desventajas, aunque depende mucho de a quien se pregunte.

Programas no compatibles con Windows

Algunos programas comerciales muy utilizados no se pueden utilizar de manera nativa en Linux, si bien hay alternativas valiosas o válidas. Por ejemplo, para los fanáticos de Microsoft Office en ambientes Windows existen productos como open Office o libre office que en Linux funcionan de mil amores, si bien la compatibilidad entre ellos no es total. Así mismo existen emuladores o simuladores para correr ciertas apps del otro sistema operativo.
Otra derivación, el usuario promedio no encuentra versiones semejantes de los llamados programas de gama alta en esta plataforma, por ejemplo, un photoshop.
El rango de los jugadores en el Pc tienen también una versión muy limitada de juegos disponibles.

Periféricos

Hay un menor número de controladores disponibles para los periféricos en uso bajo este SO.

Aprendizaje

La curva de aprendizaje para las personas que vienen desde otros sistemas operativos es un tanto larga y el procedimiento.

Soporte

El soporte, al no ser centralizado, dependendiente de una persona sino de un grupo de voluntarios, no es regular por decirlo así, si bien pueden venir ayudas inesperadas o imprevistas.

Ediciones

No hay edición estándar de Linux, hay muchas variantes y para quien recién llega a este mundo puede ser complejo seleccionar una porque puede recibir muchas recomendaciones diferentes al respecto.

Resistencia corporativa

A nivel personal la aceptación es buena pero a nivel empresarial debido al factor cultural o a la reticencia aprender a manejar este tipo de productos open source, se ha dificultado más penetrar en esta población corporativa.